Purwokerto - UIN Saizu Purwokerto memiliki lima fakultas, yaitu :
1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan.
2. Fakultas Dakwah
3. Fakultas Syariah.
4. Fakultas Ushuluddin,Adab, dan Humaniora.
5. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan
Ini memiliki program studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD), Pendidikan Agama Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), dan Pendidikan Matematika. Sebagai informasi Prodi di Fakultas Tarbiyah memiliki Akreditasi A ataun Sangat Baik. Akreditasi UIN Saizu terbaru adalah "A" (Sangat Baik), berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) nomor 464/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2019, berlaku dari tanggal 22 Agustus 2019 sampai dengan 22 Agustus 2024.
Fakultas Dakwah
Memiliki program studi Komunikasi dan Penyiaran Islam, Managemen Dakwah, Bimbingan Konseling Islam, dan Pengembangan Masyarakat Islam.
Fakultas Syariah
Memiliki program studi Hukum Keluarga (Muamalah), Hukum Acara (Uqubat), Hukum Pidana (Jinayah), Hukum Perdata (Mudharabah), dan Ekonomi Syariah.
Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Humaniora
Memiliki program studi Sejarah dan Kebudayaan Islam, Studi Agama-Agama, Sastra Arab, Bahasa dan Sastra Indonesia, Ilmu Alquran dan Tafsir, serta Studi Pemikiran Islam.